La première cathédrale d'Ajaccio, sous le vocable de Saint-Euphrase, était située dans l'ancienne ville, entre le quartier actuel de Saint-Jean et la chapelle Sainte-Lucie. Après la destruction de la ville, la côte autour du golfe d'Ajaccio se désertifia et il fallut attendre la fin du XVe siècle pour que la République de Gênes se décide à établir un préside sur la partie occidentale de la Corse.
En 1492 la nouvelle ville fut édifiée sur son site actuel qui se prêtait plus facilement à la défense que l'antique Adjacium.
La citadelle fut donc érigée avec, à ses pieds, les nouvelles constructions dont l'église Sainte-Croix, cathédrale du diocèse d'Ajaccio.
Cette cathédrale, dont on ne possède aucun renseignement, fut détruite en 1554 quand le général de Thermes, commandant en chef des troupes du roi de France Henri II, fit construire la nouvelle citadelle.
Après le départ des Français en 1559, les Anciens adressèrent des suppliques au Sénat de Gênes qui gouvernait à nouveau la Corse et au Pape Grégoire XIII pour obtenir la construction d'une cathédrale. Gênes et le pape accueillirent favorablement la demande des Magnifiques Anciens. L'évêque d'Ajaccio étant mort en 1582, le pape décida que le siège resterait vacant pendant cinq ans afin d'affecter les revenus de la mense épiscopale à la construction de la cathédrale. Il envoya à Ajaccio Mgr Giuseppe Mascardi comme vicaire apostolique pour administrer le diocèse et bâtir la cathédrale avec promesse de le nommer évêque à la fin des travaux. Sans doute pressé de recevoir la mitre, Mgr Mascardi réduisit les dimensions de l'édifice mais mourut avant la fin des travaux. Le pape Sixte Quint nomma Mgr Giulio Giustiniani sur le siège épiscopal d'Ajaccio. Celui-ci se consacra à l'achèvement de la cathédrale et au bout de six ans elle fut terminée, mais avec les dimensions réduites que lui avait données Mgr Mascardi.
L'inscription gravée au-dessus du portail rappelle ces faits : VOTIS ADJACEN. DEVOTI POPVLI SENATV GENVENSE FAVENTE R.Q.P. GREGORIO XIII AVVVENTE EPISCOPALI MENSA PER QVINQVENNIVM PRAESVLE CONSVLTO DESTITVTA CENSVM MINISTRANTE AEDIBVS HISCE SACRIS ERECTIS JVLIVS JVSTIANVS SIXTO V S.P.A. ELECTVS EPISCOPVS EXTREMVM POSVIT LAPIDEM VTINAM POSVISSET ET PRIMVM ANNO MDXCIII (Cette église sainte fut élevée sur le produit de la mense épiscopale, le siège ayant été cinq ans vacant d'après les vœux du peuple pieux d'Ajaccio, l’assentiment du sénat de Gênes et celui du pape Grégoire XIII. Giulio Giustiniani, créé évêque par Sixte-Quint, y mit la dernière pierre l'an 1593. Que ne lui fut-il donné d'en poser la première !)
Elle s'élève sur l’emplacement d’une petite église des frères Servites de Marie dédiée à l’Assomption, dont elle reprit le vocable. Ce fait est attesté par plusieurs sources, et Mgr Nicolao Mascardi le confirme dans sa visite de 1587. Le vocable de Sant’Eufrasio lui fut également donné, rappelant la première cathédrale du diocèse d’Ajaccio.
Favier Frères