Autel probablement fondé à la fin du 16e siècle par la confrérie du Saint-Sacrement comme le laisse supposer l'inscription peinte sur le tableau d'autel. Les vestiges d'un décor de stuc, attribuables à Pompeo Bagnoli, sont encore visibles au niveau du fronton et sur l'intrados de l'arc délimitant la chapelle. Bagnoli est l'auteur du décor de la chapelle du Rosaire, en pendant.

Il a été placé également sous le patronage de saint Pierre à une date inconnue (La fête de saint Pierre est mentionnée dans le registre des comptes de la cathédrale en 1826).

En 1844, dans son ouvrage "Notre-Dame d'Ajaccio, Alex Arman écrit : "... son autel figure le saint sépulcre et renferme un Jésus enseveli". "Cette chapelle n'a rien du faire des bons maîtres".

En 1895, grâce à un don du comte François-Xavier Forcioli-Conti, l'autel en maçonnerie du 16e siècle a fait place à un autel de marbre exécuté par le marbrier marseillais Jules Cantini d'après un dessin de l'architecte diocésain Albert Ballu. Une balustrade, également en marbre, a été ajoutée.

Il a été consacré au Sacré Cœur par Mgr de la Foata, évêque d'Ajaccio, avant 1895, comme lui-même le précise dans son ouvrage "Recherches et notes diverses sur l'histoire de l'Église en Corse" et comme on peut le lire dans le procès-verbal de la séance du conseil de fabrique de la cathédrale en date du 22 juillet 1896 (Archives diocésaines).