Après de nombreuses tractations entre l'évêque d'Ajaccio, Mgr Casanelli d'Istria, et les facteurs d'orgues Aristide Cavaillé-Coll père et fils, ceux-ci s'engagent " à construire un grand orgue à trois claviers à main et un clavier de pédales composés de trente-quatre jeux conformément à leur devis en date du 10 avril 1843, montant à la somme de 35 725 francs, avec les augmentations et perfectionnements exprimés dans un deuxième devis en date du 30 mai 1845 montant à 750 francs, ensemble 36475 francs ". Les facteurs d'orgues " prennent en outre l'engagement de faire transporter et poser à leurs frais le dit instrument dans l'église cathédrale d'Ajaccio et de l'entretien pendant deux ans, à partir du jour de la livraison qui devra avoir lieu au plus tard le 25 décembre 1846. " Cette soumission n'est visée par le Préfet de la Corse que le 14 mai 1847… (AD CDS 3V 6). La tribune a été construite par le menuisier-ébéniste et entrepreneur Jean-Dominique Jean en 1847 (AD CDS 3V 6). Les colonnes que la soutiennent proviennent de la carrière de marbre de Corté.
En 1933, la maison Michel, Merklin et Kuhn, effectua un relevage et équipa l'instrument d'un ventilateur électrique.
En 1941/42, Claude Hermelin rajoute un accouplement REC/GO et une tirasse POS.
En 1948, Claude Hermelin et Georges Helbig électrifient la pédale et la portent à 30 notes.
En 1955, la maison Michel, Merklin et Kuhn complète le récit de la première octave.
En 1960, l'orgue est reconstruit par la maison Jacquot Lavergne qui élémine la traction mécanique au profit d'une traction électro-pneumatique.
En 1964, l'orgue est relevé par Edmond Costa de Lodève.
Entre 1970 et 1980, la maison Merklin-Dalsbaeck remplace les tirages de registres électro-pneumatiques de Jacquot Lavergne par des moteurs électriques compacts de Kimber Allen.
En 1993, la Direction Régionale des Affaires Culturelles de Corse, alors maître d'ouvrage, commande une restauration au facteur d'orgues Jean-Marc Cicchero et ses compagnons Antoine Giraud et Joseph Charton.
En 2017, la Collectivité Territoriale de Corse, propriétaire, commande une restauration à la SARL Pesce Frères et Fils de Pau.
