C'est à l'emplacement de cette chapelle que se trouvait la sacristie, constituée de deux pièces, dont la première était la plus vaste, jusqu'en 1826, date de construction de la sacristie actuelle. Un dessin du chœur exécuté en 1617 confirme son emplacement par rapport au chœur : sa porte a été figurée avec la mention « porta per intrare in sagrestia che sorge nel choro fatta novatamente » (Salone, Anna Maria ; Amalberti, Fausto, “La Corse, images et cartographie - Ajaccio : A. Piazzola, 1992). Cette porte a dû être murée postérieurement car on ne la voit plus de nos jours.
Dans le livre de compte de la cathédrale on trouve cette mention à la date 27 décembre 1825 : "Si porta in spesa la somma impiegata nella nova sagrestia cioè somma ricevuta dal governo et dal signor Ghiraldi 2478 lire".
Le tableau représentant saint Philippe Neri au pied de la Vierge à l'Enfant, actuellement dans le bureau de l'archiprêtre, lui a donné son nom.
Du 4 juin 1851 au 10 septembre 1860, cette chapelle a abrité les cercueils contenant les cendres du Cardinal Fesch et de sa sœur, Lætitia Bonaparte, mère de Napoléon, morts tous deux en Italie, avant leur transfert à la chapelle impériale dans la rue Fesch.
À la fin du 19e siècle Mgr de la Foata (évêque d'Ajaccio de 1877 à 1899) consacra la chapelle à saint Joseph (De la Foata (Mgr) "Recherches et notes diverses sur l'histoire de l'Église en Corse" - BSSHNC, 1895).
