Cet autel du milieu du 18e siècle proviendrait de la chapelle de Notre-Dame de la Miséricorde fondée le 2 avril 1645 par le Capitaine Giovan Pietro Orto dans l'église Saint-Ignace des Jésuites (actuellement Saint-Érasme). Le vœu de la ville à Notre-Dame de la Miséricorde eut son origine dans cette chapelle.

En 1783, l'autel est cédé à l'Ospedale dei Poveri d'Ajaccio. Il est ensuite transféré à l'hôpital Eugénie (actuellement Rectorat de la Corse) lors de son ouverture en 1848. En 1983 l'autel, sans ses gradins, est déplacé à la cathédrale pour être installé au milieu du chœur. Les gradins, qui se trouvaient dans la chapelle de l'EPHAD "Le Ciste" à Ajaccio, ont été déplacés fin 2015 à l'église Saint-Roch à Ajaccio.