La chapelle Notre-Dame des Naviganti a été fondée par Mgr Pietro Spinola, évêque d'Ajaccio de 1698 à 1715, et l'autel fut consacré le 9 mars 1716 par Mgr Agostino Spinola son successeur (cf Campi Les édifices religieux d'Ajaccio, 1913).

En 1821, au moment de la construction de la chapelle de l'Immaculée Conception, elle a été transférée au premier emplacement après la porte d'entrée. Elle a été jusqu'en 1814 la chapelle de la confrérie des marins pêcheurs sous le titre de Nostra Signora dei Naviganti, saint Érasme et sainte Claire (cf Livre de la confrérie de saint Érasme - Archives diocésaines). Mgr Sebastiani Porta, évêque d'Ajaccio de 1802 à 1831, donna par la suite l'ancienne église des Jésuites, aujourd'hui église Saint-Érasme, à cette confrérie qui en a gardé la charge jusqu'à nos jours.

L'autel, les gradins et le tabernacle ont été reconstruits par Léon Crouchen, marbrier à Ajaccio comme on peut le lire dans un état des ouvrages et fournitures du 30 novembre 1847 (Archives Départementales de Corse-du-Sud Série 3V 11).

Cette chapelle possédait un tableau d'autel représentant saint Érasme et saint Euphrase au pied de la Vierge. Il se trouve actuellement au musée Fesch et a été remplacé, au cours du 20e siècle, par le tableau que l'on peut voir actuellement.